游戏的主角是一个刚刚搬家到未白镇的孩子。在游戏之初，主角可以自小田卷博士处选择木守宫、火稚鸡和水跃鱼中的一只作为自己的初学者宝可梦。主角的朋友兼劲敌也是一位宝可梦训练家，不时会挑战主角。游戏的两个主要目标是战胜道馆训练家最终成为联盟冠军和通过收服进化交换宝可梦来完成宝可梦图鉴。 在旅途中他们遭遇了熔岩队和海洋队，前者想要借助固拉多扩张陆地，后者企图操纵盖欧卡扩张海洋。在两者召唤出各自的超古代宝可梦后，固拉多和盖欧卡并未服从命令，开始大战，将世界置于水火之中。主角唤醒了传说中的宝可梦烈空坐，后者平息了固拉多和盖欧卡的愤怒。主角在进入殿堂后可以邂逅全丰缘地区四处游走的拉帝亚斯和拉帝欧斯，并访问对战开拓区。