《神隐》的故事讲述了16岁的少年九澄博士（名字叫博士而已）的冒险故事。 九澄博士是一名从城市转学到山间的新兴住宅地 嫦娥镇 的高中生。 而这个名为 嫦娥镇 的地方则被一条河流分为 旧市街 和 新市街 两部分， 这里残存着充满神秘色彩和各种奇怪传承，所以这里至今仍保留着谜一般的奇异传统和风俗。 本来不是很起眼的九澄博士，在新班级里却受到了新同学们无微不至的关怀，九澄博士虽然感到有些意外但还是享受着新生活。 但是班级里只有一人，也就是班长栉名田眠很明显的和博士拉开距离。 对田眠的态度很在意的博士受到了她的警告“千万不要靠近旧市街”。 “旧市街”到底有什么呢？ 怀着好奇心的驱使，九澄博士来到了旧市街，而可怕并神秘的事件也随之而来……